Genetiğin iskeleti: Biyoinformatik

Geçen 20-30 yıl içerisinde genomik teknolojilerin hızlı ilerlemesiyle, moleküler biyoloji alanında bir bilgi patlaması yaşandı. Genomik bilginin bu denli hızlı büyümesi; bilginin depolanması, organize edilmesi, indekslenmesi, özel programlar aracılığı ile görüntülenip analiz edilebilmesi için, bilgisayar tabanlı veri bankalarının oluşturulması gerekliliğini ortaya çıkardı.

Biyolojik veri bankaları

Bir biyolojik veri bankası; özel bilgisayar programlarıyla güncelleme, sorgulama, düzenleme ve indeksleme gibi işlemlerinin yapıldığı ve bilgilerin depolandığı büyük bir sistemdir. Basit bir veri bankası birkaç kayıt içeren dosyalardan oluşabilir. Örneğin; nükleotid dizisiyle ilişkili bir kayıt irtibat ismi, molekül tipini tanımlayan giriş numarası, kaynak organizmanın bilimsel ismi, diziyle ilişkili literatür başlıkları v.b. gibi.

Araştırmacıların veri bankasından yeterince yararlanabilmeleri için iki ek özelliğin karşılanması gereklidir:

• Bilgiye kolay ulaşım.
• Sadece araştırmacının sorusuna cevap olacak bilgiye ulaşılmasını sağlayan bir metod.

NCBI’da birçok veri tabanının ilişkilendirildiği Entrez girişi, kullanıcıya sorgusunu lişkili tüm veri tabanlarında yapma imkanı sağlar. Örneğin; Entrez Protein veri tabanı, Entrez Taksonomi veri tabanıyla ilişkilidir. Bu durum araştırmacının ilgilendiği protein dizisinin, hangi türe ait olduğuna ilişkin taksonomik bilgiye de erişebilmesini sağlar.

Biyoinformatik; Biyoloji, bilgisayar bilimleri ve bilişim teknolojilerinin tek bir bilimsel disiplin altında buluşmasından oluşan yeni bir bilim dalıdır. Öncelikli amacı, yeni keşiflerin ışığı altında, biyolojinin ilkelerini global bir bakış açısıyla görebilmek ve bu ilkeleri bütünleştirebilmektir. Genomik devrim, nükleotid ve aminoasit dizilimleri gibi biyolojik bilgilerin bir veri tabanında toplanması ile başlamıştır. Veri tabanlarının gelişimi sadece dizayn edilmesi ile değil bunun yanında kompleks arayüzlerin oluşturulması, veri girişleri, bildirimler ve verilerin revizyonlarının sağlanması ile gerçekleştirilmiştir. Sonuçta tüm bu çalışmalar normal hücresel aktivitenin ayrıntılı bir resmini ortaya çıkardığı gibi, araştırmacılara farklı hastalık durumları hakkında bilgi de sağlamaktadır.